『联翼共赴新征程』
序章：极光花
讲述Lotusky-1乙宗梢小时候的故事，由此引出马加丹与卡斯卡迪亚之间曾爆发过的军事冲突。同时介绍莲之空航空俱乐部的各位成员，为M01做铺垫。
M01：初阵
「失去重要之物的我，真的能成为他那样的人吗？」
永冻港空军基地发出防空警报，根据预警雷达显示，一支从白令海峡战区脱离的雇佣兵部队（紫苑雇佣兵团）正打算入侵马加丹领空，追击被无限中队重创的深红中队。莲之空航空俱乐部接到命令，将作为一支预备役飞行中队交战，四架战斗机和留在空军基地附近巡逻的边防部队前去与紫苑雇佣兵团交战。在Lotusky-1的指挥下，紫苑雇佣兵团遭遇重创，最后从永冻港空军基地上空撤离，初战告捷。
M02：苍空中飞舞的希望
「闪烁的希望Flicker Of Hope，在狂风骤雨中，绽放出压倒绝望的光」
卡斯卡迪亚北部的分裂势力趁着马加丹空军力量薄弱的契机，向马加丹共和国发起全面进攻，莲之空预备役中队只得带着永冻港空军基地中残余的空中力量，和联邦维和部队一同在永冻港防御卡斯卡迪亚分裂势力的攻击。最终因征用号的介入，马加丹地面部队伤亡惨重，前线指挥部被炮火端掉，在维和部队察觉情况不对后，莲之空预备役中队从前线撤退，紧急返回首都备战。
M03：仇恨的连锁/业障
「仇恨的连锁Chain Reaction，不可抑制，无法阻挡，无人幸免。」
「历史的长河终究无法淹没——不灭的业障Karmavarana」
卡斯卡迪亚分裂势力直逼马加丹首都基利亚科夫，为报复马加丹在上次军事冲突的所作所为，分裂势力对马加丹首都进行连夜连日的恐怖袭击，为应对这些恐怖袭击，莲之空预备役飞行中队被临时编为维和部队，在首都郊区击退来犯的卡斯卡迪亚和雇佣兵战斗机，协助地面部队突出重围，为马加丹陆军的反攻杀出一条血路。
M04：斩断红线
「直面一切恐惧和挑战，斩断缠绕在达摩克里斯之剑上的——红线Redline」
根据情报，马加丹发现了卡斯卡迪亚前线指挥部的位置，为悄无声息地拔掉敌人的指挥部，马加丹指挥处决定让莲之空中队驾驶战斗机穿过地下隧道，这样可以避免防空武器的攻击。由于莲之空中队中的Lotusky-3藤岛慈擅长这种极限运动，于是她成为了本次行动的领航员。在穿越狭长的地下隧道后，莲之空中队奇袭了卡斯卡迪亚前线指挥部，但Lotusky-1收到了一条她不能接受的消息：策划这场针对马加丹恐怖袭击的正是她曾经的飞行教官大贺美沙知。
M05：米格走廊制空战
「我们将在这条由无数破碎羽翼组成的米格走廊MIG Alley，亲手终结这场毫无意义的战争。」
莲之空中队奉命前往“米格走廊”，拦截试图轰炸马加丹城市的战略轰炸机。在联邦维和部队的带领下，马加丹陆军将卡斯卡迪亚侵略部队赶回了永冻港，并在那里全歼了卡斯卡迪亚北部分裂势力的残余武装力量，但战争没有因此结束。大贺美沙知依旧下落不明。
M06：终局的序曲
「黄石禁区——尘埃之母的后裔Descendants在此处奏响终局的序曲The Final Overture」
莲之空部队作为联邦维和部队正式介入卡斯卡迪亚独立战争，负责监督交战双方。但据联邦的情报，北美联邦和卡斯卡迪亚独立军中同时发生了军事政变，一支受无国界组织控制的卡斯卡迪亚空中战舰部队正朝着黄石地带前进，为防止战火波及到北美联邦国家，莲之空中队前去拦截，最终舰队被全歼，但舰长大贺美沙知依旧下落不明。
M07：碎心航班
Lotusky-1和她的WSO作为模范飞行员登上总统专机“碎心一号”，前往卡斯卡迪亚独立军控制区域参与和平谈判，但在航线过程中出现突发情况，机组成员中混入了内鬼，试图劫持总统将卡斯卡迪亚战争扩大化。在Lotusky中队各机的努力掩护下，总统专机迫降在了卡斯卡迪亚境内，Lotusky中队和马加丹总统被卡斯卡迪亚独立军搭救，但谈判延期，战争照常进行。
M08：莲色天穹
莲之空中队在北美联邦的指示下，紧急派遣至扬基线的肯梅尔堡垒进行防卫工作，并被要求击落卡斯卡迪亚第七航空师第36中队的王牌飞行员，但由于北美联邦的防线瓦解的太快，莲之空中队与北美联邦前线部队失去联系，途中莲之空中队遭遇了一批从肯梅尔中队逃跑的无国界组织飞行员，只得被迫将其击落，但莲之空中队也耗尽了所有的弹药。幸运的是她们遇到了正在从肯梅尔堡垒撤离的无限中队，在为莲之空中队指引航向后，两只中队分道扬镳，从此再也没见过面。
M09：残阳
北美联邦发现了大贺美沙知的踪迹，并将其报告给了莲之空中队。莲之空中队迅速出击，但她们驻扎的空军基地遭到了无国界组织的攻击，Lotusky中队的战斗机被毁，只有Lotusky-1的座机保存完好，在众人的决定下，Lotusky-1和她的WSO决定和北美联邦的残余部队前去剿灭无国界组织残部。Lotusky-1和驾驶F/V-14的大贺美沙知在生命禁区的天空中展开最终对决，最终大贺美沙知被击落，生死不明。莲之空中队在战后被授予空军楷模的称号，Lotusky-1、2、3也从永冻港空军基地的飞行学院毕业，完成了大贺美沙知离开马加丹前遗留的愿望。
希孚之翼，我将我的一切托付于此。
借助这双不属于我的羽翼，作为新生的王牌自由翱翔。
失去重要之物的我，真的能成为他那样的人吗？
他说我会在那片天空中找到答案的…我不明白…
直到那天来临。